La sección de judo del Club Natación Pamplona es el club de judo activo más antiguo de Navarra, que lleva desarrollando esta actividad desde 1966, siendo a su vez uno de los clubes referentes en este deporte a nivel navarro, y sin duda alguna uno de los clubes más laureados y que ha dado un buen número de destacados judokas, como el medallista europeo y judoka olímpico en los JJOO de Sidney 2000 y Atenas 2004 Ricardo Etxarte. Por otro lado, el buen hacer de la sección ha permitido la consecución a lo largo de estos años de más de cincuenta cinturones negros, cuyo listado se adjunta en el siguiente enlace: Cinturones Negros del Club Natación Pamplona.
En 2016, la Sección cumplió su 50º aniversario, en unos actos en los cuales se realizó un repaso de toda la vida de la sección a lo largo de sus cinco décadas de andadura. Se puede acceder a toda la información publicada al respecto en el siguiente enlace: 50 Aniversario Judo Club Natación Pamplona.